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如果在12306网站上显示身份证已被注册，可能是由于个人信息被他人冒用注册了账号。在这种情况下，可以采取以下步骤进行处理。
1、通过找回密码功能尝试找回密码，在登录页面选择“忘记密码”，根据提示输入身份证号码和相关信息，尝试找回被他人使用的账号并更改密码。
2、联系铁路客服，拨打铁路客服电话或前往火车站窗口，向他们说明情况并提供相关证件和资料，请求他们帮助解决问题，客服人员会要求提供身份证等身份验证信息，以便确认身份并解决问题。
3、前往铁路公安机关报案，如果怀疑个人信息被盗用，可以前往铁路公安机关报案，他们会根据情况进行调查和处理。
在处理过程中，需要注意保护个人信息和账户安全，不要轻易泄露个人信息和账户密码，为了避免类似情况再次发生，建议加强账户密码的安全性和定期更换密码，如果问题无法解决，建议咨询专业法律人士以获取专业的帮助。